代理店とエンドクライアント、または複数の企業・部署で共同してアンケートを利用する場合に、アンケートを作成する会社と実際にお支払いする（請求先となる）会社を分けて登録し、請求はまとめて1か所にすることはできますか？

可能です。「グループ管理機能」をご利用ください。
請求先となる側（例：代理店や請求をまとめる部署）のアカウントでグループを作成し、アンケートを作成する側のアカウントをグループへ招待すると、アンケート作成は各メンバー、ご請求はグループ管理者にまとめる運用ができます。
・1つのアカウントが所属できるグループは1つのみです。
・チームでご利用の場合も、担当者ごとに個別のメールアドレスでアカウントを作成し、グループ管理機能でアンケートの共有やご請求の一元管理を行うことをおすすめしています。