事前抽出調査で男女両方の回答を集めた後、本調査では女性のみのデータを取得したい場合、設定可能ですか。

可能です。事前抽出調査の完了後、本調査の配信条件は自由に変更できます。
例えば、本調査の割付設定で男性の目標数を「0」にすると、女性のみを対象に配信できます。