縦断調査（同一対象者に対する複数時点でのアンケート実施）はQiQUMOで実施できますか？

はい、「リスト管理機能」を使えば可能です。1回目のアンケート回答者の「回答者ID」からリストを作成し、2回目・3回目にその対象者へ配信できます。
ただし、次の点にご注意ください。
・1回目の回答結果をもとに、システムが自動で次回の配信対象を選ぶ機能はありません
・アンケートごとに回答者IDが異なる仕組みのため、厳密な縦断調査・追跡調査には適していません
・期間が空くと退会などで回答者が減るため、余裕を持った人数で開始することをおすすめします
・料金は各回ごとに通常の本調査料金が発生します